Sarastro, Ízisz és Ozirisz bölcs papja, Paminát a templomba vitte, hogy megvédje anyjának, az Éj Királynőjének a befolyásától. A királyné megbízta Tamino herceget, hogy találja meg és szabadítsa ki a lányát. Tamino meg is találja, azonban ő is egy fiatal Sarastróvá válik, mivel megtanulja csodálni a bölcssségét. Ezenkívül Tamino és Pamina egymásba szeretnek.

1. szín: A vadonban
Az Éj Királynője megjelenik
Taminót a vadonban egy kígyó támadja meg. Elájul, de három hölgy, az Éj Királynőjének szolgálói, megmentik, hogy ne ölje meg a kígyó. Mindhárman beleszeretnek Taminóba, és reménykednek, hogy megszerezhetik maguknak; elhagyják a színpadot.

Tamino felébred, és találkozik Papagenóval, aki azzal henceg, hogy ő ölte meg a kígyót. Ezért a visszatérő szolgálólányok megbüntetik, nem tudja kinyitni a száját. Tamino a hölgyektől a megszöktetett Pamináról egy „csodálatos képet“ kap. Megjelenik az Éj Királynője és arra kéri Taminót, hogy a lányát, Paminát, szabadítsa ki. A három hölgy megszabadítja Papagenót a szájzártól, és Taminonak egy arany varázsfuvolát, Papagenónak egy harangjátékot adnak. Három fiú vezeti Taminót és Papagenót további útjukon.

2. szín: Sarastro palotájának egy terme

Paminát a szolgák a mór Monostatos elé viszik, Sarastro palotájának egy pompás egyiptomi szobájába. Monostatos bilincsben hagyja Paminát, aki elájul. Papageno megjelenik, és megijeszti Monostatost, aki elmenekül. Pamina értesül Papagenótól a mentőakcióról és Tamino szerelméről. Papageno panaszkodik, hogy nincs társa. Mindketten menekülnek.

3. szín: Erdőcske és a templom bejárata

A három fiú Taminót egy ligetbe vezetik, amelyben a bölcsesség temploma, az értelem temploma és a természet temploma állnak. Az értelem temploma és a természet templomába Tamino nem tud belépni; a bölcsesség templománál felvilágosítást adnak neki Pamináról és Sarastróról.

Papageno és Pamina elérik az erdőcskét; a menekülést Monostatos meghiúsítja. Sarastro megbünteti Monostatost Paminával szembeni viselkedéséért, azonban nem adja vissza Pamina szabadságát sem. Pamina és Tamino elismerik kölcsönös szerelmüket; Papagenónak és Taminónak azonban először a próbák templomában kell megtisztulniuk.

Második felvonás
Tamino és Pamina
1. szín: Egy pálmaliget

Sarastro papjai kihirdetik, hogy Tamino méltó Paminára. Paminát azonban nem szabad a babonát terjesztő anyjának visszaadni, hanem Taminóval kell összeadni.
2. szín: A próbák templomának udvara

Tamino és Papageno első próbája abban áll, hogy a kísértés során némának kell maradniuk. A három hölgy fellép. Tamino néma marad, de Papageno megtöri a hallgatását.

3. szín: Egy kert, Pamina alszik

Pamina alszik a kertben, amikor Monostatos közelít. … Amikor Monostatos közelít Paminához, megjelenik az Éj Királynője; Pamina felébred, és Monostatos hallgatózik, amikor is az Éj Királynője Paminának egy tőrt ad, hogy megölje Sarastrót. A Királynő távozása után Monostatost Sarastro megjelenése űzi el.

4. szín: A próbák templomának egyik csarnoka

Tamino és Papageno második próbája. Ismét nem tud néma maradni Papageno, amikor egy idős asszony vízzel kínálja. A három fiú elhozza nekik a varázsfuvolát és a harangjátékot. Pamina belép, minden lelki szenvedése ellenére sem szegi meg Tamino a hallgatást. Pamina feltételezi, hogy nem szereti már őt, és emiatt szomorkodik.
5. szín: Pyramiden

A papok Taminót Erényesnek éneklik meg: Sarastro megdicséri Tamino állhatatosságát, és két további próbát jelent be.

6. szín: A próbák templomának egyik terme

Papageno egyedül van; bejelentik neki a büntetésének feloldását. Az idős hölgy megjelenik és átváltozik fiatal Papagénává. Mindkettejüknek türelmeseknek kell még lenniük.

7. szín: Kertben

Pamina a kertben van, és a csalódás miatt a szerelmében, szándékában áll, hogy az életének a tőrrel véget vessen. A három fiú megváltoztatja az elhatározását.

8. szín: Kövek, víz és tűzbarlang

Tamino és Pamina egymásra lelnek. Engedélyt kapnak, hogy egymással beszéljenek és megöleljék egymást. A varázsfuvola segítségével sikerül átjutni a vizen és a tűzön.

9. szín: Nyílt szín egy fával

Papageno fel akarja akasztani magát, mivel azt hiszi, hogy nem nyerte meg Papagenát. A három fiú azt tanácsolja neki, hogy szólaltassa meg a harangjátékot, hogy Papagenát odacsalogassa. Papagena megjelenik és egymásra találnak.

10. szín
Az Éj Királynője és Monostatos a templom lerombolását tervezik. Monostatosnak ehhez Paminát meg kell nyernie az istennőnek. Ebben a kísérletben azonban saját maguk pusztulnak el. (Ezt a színt korábban gyakran kihagyták, manapság azonban általában beépítik az előadásba.)

Sarastro megjelenik és egymásnak adja Taminót és Paminát.


A nyitányról

A szabadkőművesek számszimbolikájára utal a nyitány elején felhangzó három akkordütés; a nyitány Esz-dúr hangneme a darab emelkedett szellemét jelzi.

A lassú bevezetés áhítatot ébreszt: Sarastro világának előhírnöke. A gyors szonátatétel fúga módjára kezdődik, témáját a kortársak Clementi zongoraszonátájából ismerhették. A nyitánynak kontrapunktikus-tematikus indítása Mozart „tudós” stíluskorszakának utolsó, ragyogó periódusát idézi fel (az operában a két páncélba öltözött titokzatos ember megjelenésénél lehetünk tanúi e stílus szuverén elsajátításának). Hermann Abert pompásan jellemzi a Varázsfuvola nyitányának viszonyát magához az egész műhöz: mint a többi Mozart-opera nyitánya, ez is utoljára íródott, a darab befejezése után. Mozart így nem élte át ismét a darab konfliktusait, csak visszaemlékezett rájuk, tehát a nyitányt nem annyira a Varázsfuvola maga, mint inkább az abból leszűrt élmény hangulata ihlette.

A három szabadkőműves-kopogtatás a szonátatételben is formaalkotó szerepet kap és nyilván része van a mollba forduló fúgatéma küzdelmessé válásában. Ez a küzdelem mindaddig tart, amíg az állhatatosság és erő jelképe, a nap – ez esetben a fényes és biztató Esz-dúr hangnem – be nem ragyogja a visszatérési szakasz felszabadult, megkönnyebbült, harmonikus világát.